Los principios activos de la manzanilla como el aceite esencial produce un efecto antiinflamatorio, antiséptico, espasmolítico, carminativo, emenagogo y ligeramente sedante, acciones a las que contribuyen las cumarinas y flavonoides.
Los mucílagos son demulcentes y, junto con el aceite esencial, tienen un efecto reepitelizante. Los principios amargos son responsables de su actividad aperitiva, digestiva y colerética.